纳木错是第三纪末和第四纪初,喜马拉雅山运动凹陷而形成的。大约在距今200万年前,地壳发生了一次强烈的运动,青藏高原大幅度隆起,岩层受到挤压,有的褶皱隆起,成为高山;有的凹陷下落,成了谷地或山间盆地。纳木错就是在地壳运动陷落的基础上,加上冰川活动的影响造成的。早期的纳木错湖面辽阔,海拔比现在低。那时纳木错湖的气候相当温暖湿润,如同一个大海。后来由于地壳不断隆起,纳木错也跟着不断上升,加上在距今1万年以来,高原气候变得干燥,湖水来源减少,湖面也大大缩小了。纳木错的湖水来源主要是天然降水和高山融冰化雪补给,湖水不能外流,是西藏第一大内陆湖。湖区降水稀少,日照强烈,水分蒸发较大,是我国仅次于青海湖的第二大咸水湖。