南靖县历史悠久,前身为南胜县,建置于元至治二年(1322年),隶属漳州路,辖今南靖、平和2县全境及漳浦县部分地域,县治设于九围矾山东麓(今平和县南胜镇人民政府所在地)。至元六年(1340年),县治迁至琯山之阳(今平和县小溪镇旧县村)。至正十六年(1356年),因旧县村地僻多瘴,县治又迁至双溪口之北兰陵(今靖城镇),因地处福建南陲,且屡寇不靖,故把南胜县改名为南靖县,意为“南方之静”,以兆吉祥。明正德二年(1570年),汀漳农民起义,正德十二年冬王守仁率3省军队进剿平息后,于正德十三年划清宁、新安2里共12图建置平和县。同年,龙溪县划二十一都7图、二十五都5图(即今龙海县程溪镇和漳浦县南浦、马苑、龙溪墟)归南靖县管辖。 清代隶属漳州府,雍正十三年(1735年),奉命把居仁里第一图车田总十五保划给漳浦县管辖。民国时先属西路道,后属汀漳道。民国14年(1925年)直属福建省。民国22年属龙汀省。民国24年,中西坪、大坪划给漳浦县管辖。民国27年7月,鉴于靖城紧连漳州平原,易受日本侵略军飞机骚扰,县政府西迁山城,此后山城成为南靖县城。民国35年划归福建省第六行政督察区,后又改属第五行政区。中华人民共和国成立后,南靖县境域又发生数次变动。1954年12月,平和县金竹、葛竹、大岭、北坑划归南靖县管辖。1956年8月5日,科岭乡都宁头村归龙岩县管辖。同年11月6日,版寮乡杨厝村划归平和县管辖。1957年2月17日,程溪区外云、白云、程溪、塔潭、粗座、人家、官园、洋奎8个乡划给龙溪县管辖;南浦、马苑、龙溪墟划给漳浦县管辖;长教区杨厝划给平和县管辖。同年,华安县蓬莱、迎新、迎富划归南靖县管辖。此后至1990年,南靖境域不再变动。