尼康Z5和Z6在设计、画质、感光度等方面有区别。设计上，前者取消了后者的肩屏设计，机身重量相比后者要略重了5g；画质上，前者采用2432万像素传感器，后者采用2450万像素传感器；感光度上，前者高感可拓展到ISO102400，后者则为ISO204800。以下是两款相机的详细区别：
1、机身设计区别：尼康Z5和尼康Z6都采用55mm大口径Z卡口，在尺寸上尼康Z5机身约134x100.5x69.5mm，尼康Z6机身尺寸约134x100.5x67.5mm。另外，尼康Z5将手柄的握持深度加大了，同时取消了Z6的肩屏，相机肩上的按钮以及拨盘都集中在一边，大部分功能可单手操作。尼康Z5仅机身重量相比于尼康Z6要略重了5g，为590g。
2、相机画质区别：尼康Z5采用的是约2432万有效像素的FX全画幅传感器，而尼康Z6的采用的是约2450万有效像素的FX全画幅传感器。尼康Z6和尼康Z5均搭载EXPEED6影像处理器，ISO感光度范围100-51200，自动ISO感光度控制可用。
3、感光度区别：尼康Z6可在ISO100的基础上约减少0.3、0.5、0.7或1EV（相当于ISO50），或者在ISO51200的基础上约增加0.3、0.5、0.7、1或2EV（相当于ISO204800）。尼康Z5可在ISO100的基础上约减少0.3、0.5、0.7或1EV（相当于ISO50），或者在ISO51200的基础上增加0.3、0.5、0.7或1EV（相当于ISO102400）。尼康Z6高感可拓展到ISO204800，而尼康Z5高感可拓展到ISO102400。
4、显示屏和取景器区别：尼康Z5采用约104万画点、可视角度约170°，画面覆盖率约100%可翻折触摸屏，而尼康Z6采用约210万画点、可视角度约170°，画面覆盖率约100%可翻折触摸屏。取景器方面，尼康Z5和尼康Z6都搭载约369万画点（QuadVGA）OLED电子取景器，带色彩平衡和自动以及11档手动亮度控制。
